非櫃裝之海運一般轉口貨物須裝櫃者，運輸業者應事先以「轉口貨物裝櫃（盤）申請書兼計畫表」書面載明貨物名稱、數量向海關申請，經核准後，於關員監視下在轉口貨物專用倉（區）或其他經海關核准之場所辦理裝櫃，並依海關徵收規費規則之規定徵收特別監視費。裝櫃後，運輸業者應另將貨櫃及封條號碼載明於轉運申請書並填具貨櫃清單及貨櫃（物）運送單，向海關申辦移轉口貨櫃專區手續。但移儲於同一管制區內之轉口貨櫃專區內者，免填貨櫃（物）運送單。

櫃裝海運一般轉口貨物在集散站（或碼頭專區）存放、移動及處理，依下列規定辦理：

財政部2010年底發布的「優質企業認證及管理辦法」，根據統計實施到今年6月初為止，已經有345家優質企業(AEO)通過認證。不過，為了能吸引更多企業加入認證行列，財政部持續研議給予優質企業更多優惠，將來轉口櫃甚至只要事先書面報備，不必經過海關同意並可自主管理，大大鬆綁轉口業務。

財政部為落實供應鏈安全管理、提升貿易競爭力，及促進海關與業者合作，於去年(2010年)發布「優質企業認證及管理辦法」，目前優質企業總計345家，關政司副司長謝鈴媛表示，目前財政部已提出許多貨物通關優惠措施，包含較低查驗比率；按月彙總繳稅；國貨復運進口可先具結放行，事後再核銷原出口報單；報單完稅價格超過新台幣1億元者，可免審免驗通關；及設立貨物未放行案件單一處理窗口等。